対処方法として，以下の2通りあります．
「研究目的」などの該当箇所には，
\input foo.texと書き，別のファイルに内容を記述しておく．
この場合，いつも通りの \halign{#&#\cr...} や \settabls\+ ... をそのまま使うことができます．
「研究目的」などの記述は「定義」となっています． 「定義」の中では，一般に # を使いたいときには ## と2重にします．
ですから，halign を使いたければ，
\halign{##&##&##\cr
.....
という具合にする必要があります．
また，この方法では \settabs を用いた方法
\settabs\+ xxxxx & ffffffff & jjjjj \cr ......は使えませんので \halign を使ってください．
ただ，一定の長さのタブで用いたい場合に対しては， \+ の代わりに \tabalign を用いて
\settabs 4 \columns \tabalign ....&&. \cr....とすることができます．