1. ◯(丸)がその後に続く漢字に比べ，上にずれている． 2. 中の数字が◯に比べて小さめで，下方にへばりついている．
以下の修正はいかがでしょう．
% diff kkh.mac.org kkh.mac
639,640c639,641
< \def\maru#1{{\tenmin\leavevmode\rlap{\hbox to 1zw{\hfil ○\hfil}}%
< \hbox to 1zw{\hfil\lower.35zh\hbox{$^{\hbox{\sevenrm#1}}$}\hfil}}}
---
> \def\maru#1{{\tenmin\leavevmode\rlap{%
> \hbox to 1zw{\hfil\lower.04zh\hbox{○}\hfil}}%
> \hbox to 1zw{\hfil\lower.34zh\hbox{$^{\hbox{\kern.9pt\sevenrm#1}}$}\hfil}}}
プリンターのフォントと cmr のバランスですので，根本的には 「各自のプリンターに合わせてパラメーターを調整せよ」 とするしかないんでしょうね．