\Maru が ○を付けるコマンド． \nagamaru が 楕円を描くコマンドです． これらの定義を何もしないものにすれば良いでしょう．
src.tex の最後の部分を以下のように書き換えて下さい．
% 頁出力コマンド \def\Maru{} \def\nagamaru#1{#1} \OutputPages
上記の \def\nagamaru#1{#1} は
\def\nagamaru{}